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MIGALE - Bioinformatique

La plate-forme bioinformatique fait partie intégrante de l’unité Mathématique, Informatique et Génome (MIG).

Elle regroupe un ensemble de ressources dédiées à la bioinformatique. Ces ressources regroupent à la fois des outils développés par l’unité MIG et les outils mis à la disposition par la communauté.

Le portail propose également les collections de banques et de bases de données biologiques génétiques ou thématiques.

Elle est membre du Réseau National des plates-formes Bioinformatiques (ReNaBi). La plate-forme a été labellisée RIO en 2006.


Missions :


- Mettre à disposition des utilisateurs une infrastructure matérielle performante
- Proposer des développements informatiques (base de données, automatisation, pipeline...)
- Organiser la mise en place de formations en bioinformatique
- Valoriser les outils développés par l'unité MIG
- Offrir aux biologistes les outils et les données nécessaires à une analyse bioinformatique
- Communiquer sur les différentes actions entreprises sur la plateforme
- Interagir avec les autres plateformes (MIMA2...) sur le centre de Jouy et participer à la mutualisation de ressources de stockage et de calcul


Spécificités :


1] Analyse de données :

Analyse de données génomiques microbiennes : l’outil d’annotation de génome complet microbien AGMIAL, la base de données de comparaison des souches microbiennes au niveau nucléique (MOSAIC), l’intégration de données microbiennes et la comparaison de l’ensemble des génomes complets publiées au niveau protéique (centre de ressource de génomique microbienne MICROBIO GENOMICS)
Analyse de données métagénomiques : analyse du microbiote intestinal humain dans l’obésité et analyse du métagénome du sol ainsi que dans un projet plus méthodologique qui vise à analyser les problèmes spécifiques en bioinformatique et statistique posés par les données métagénomiques.


2] Système de grilles :

Répondre aux nouveaux besoins en calcul intensif pour la biologie
Développer de nouvelles solutions matérielles adaptées au calcul intensif (architecture reconfigurable de type FGPA, processeurs spécialisés de type GPU)

3] Cycle de formation en bioinformatique :

Composé de 12 modules (environ 20 jours de formation annuellement) : acquérir des connaissances plus générales et plus étendues sur différentes méthodes de la bio-informatique utiles pour la recherche

http://migale.jouy.inra.fr/

Rédacteur : JM
Date de création : 25/02/2010
Date de dernière mise à jour : 15/03/2010