Imprimer

Envoyer à un ami

Metaquant - Métagénomique

MétaQuant est une plate-forme de séquençage et d’analyse métagénomique centrée autour d’un sujet : le microbiote humain.

Cette technologie de séquençage (SOLiD ; Applied Biosystems) permet aussi de réaliser la cartographie de mutations chez les procaryotes ou les eucaryotes.

La plate-forme Metaquant dispose également d’une grande capacité d’analyse et d’un pipeline qui permettent de fournir des données directement exploitables par des biologistes.

Missions :

• Analyser la composition génique de métagénomes, en particulier le microbiote humain

• Mesurer la variabilité génétique au sein de populations

• Réaliser des analyses transcriptomiques

• Traiter les données de séquençage de manière à les rendre directement exploitables par des biologistes (comptages de gènes (ADN ou ADNc), d’espèces microbiennes ; données de polymorphisme nucléotidique…)

• Fournir un service de séquençage Sanger pour faciliter la biologie moléculaire

Spécificités :

1] Métagénome

Qualifier le microbiote humain et ses interactions avec l’hôte. Une approche métagénomique est mise en œuvre afin de séquencer le répertoire génétique du microbiote intestinal humain, d’appliquer à des cohortes de patients - inclus dans des études nutritionnelles concertées en France et en Chine - un typage métagénomique à haut débit et d’identifier des fonctions du dialogue microbiote-hôte pertinentes dans la captation de l’énergie de l’aliment.

2] Cartographie des mutations

Reséquençage des souches bactériennes pour l'identification de mutations uniques ou d’une petite collection de SNPs. Cette approche s’appuie sur  la technique "bibliothèque de fragments" et est utilisée pour l'analyse de mutants quand la séquence de la souche parentale est connue avec un degré de confiance élevé.

3] Finishing / Resequencing

Reséquençage utilisant la technique "bibliothèque mate-pairs" dans les procaryotes et les eucaryotes permettant l'identification aussi bien de mutations simples que de réarrangements plus complexes dans le génome.

Rédacteur : JM
Date de création : 24/02/2010
Date de dernière mise à jour : 15/03/2010