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L’originalité de la plate-forme réside dans sa capacité à produire et analyser des microquantités de matériel extraites de cellules isolées de leur environnement tissulaire, sous contrôle morphologique, par microdissection laser.
La microgénomique requiert des équipements hautement spécialisés et une expertise dans la manipulation de faibles quantités de matériel à analyser.
La présence sur ICE de personnels compétents en transcriptomique et protéomique permet d’accéder à un support de haut niveau, à une offre « personnalisée » de solutions intégrées pour la microgénomique et à un éventail de prestations unitaires d’analyse différentielle des biomolécules, en interaction étroite avec les plateformes locales (PAPSSO, CRB et MIMA2).
Cette situation offre un cadre privilégié permettant à la plateforme d’assurer de façon dynamique les développements technologiques qui sont ensuite mis à disposition des équipes utilisatrices.
Missions :
• Fournir aux utilisateurs les équipements et les techniques requises pour mener à bien leurs projets de microgénomique.
• Accueillir, conseiller et accompagner les utilisateurs en les aidant à concevoir, réaliser et interpréter des analyses d’expression génique à l’échelle de la cellule, au moyen de technologies innovantes : microdissection laser, PCR quantitative, protéomique différentielle (2D-DIGE), …
• Obtention et qualification de microquantités de biomolécules (ADN, ARN et protéines)
• Réaliser des formations théoriques et pratiques pour la mise en œuvre des technologies proposées par la plateforme.
• Assurer une veille technologique et mettre à disposition des protocoles testés et validés.
Spécificités :
1] Microdissection par « capture » ou « cutting » :
La « Laser Capture Microdissection » permet le prélévement de cellules par adhésion sur un film en préservant l’intégrité des biomolécules extraites en particulier les ARN.
La « Laser Cutting Microdissection » est une approche plus particulièrement adaptée à l’isolement d’une vaste région tissulaire, de tissus résistants ou de chromosomes.
2] PCR quantitative en temps réel :
Analyse simultanée de l’expression de 16 à 384 gènes grâce à des cartes microfluidiques (appareil Applied Biosystems).
3] Microgénomique expressionnelle :
Préparation de coupes histologiques, microdissection, extraction et contrôle qualité des biomolécules, analyse différentielle des protéines par électrophorèse 2D-DIGE et/ou des transcrits après amplification sur microarrays.
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