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Identification de biomarqueurs prédictifs grâce aux données issues des technologies -omiques à haut débit

Le 5 octobre 2017, le centre de recherche Inra Ile-de-France-Jouy-en-Josas accueillait le séminaire "Predict et Psay-CompBio" sur l'analyse des données biologiques produites grâce aux technologies -omiques à haut débit, dans le but de découvrir des biomarqueurs prédictifs. A l'issue de la rencontre, un groupe de travail s'est constitué autour d'un challenge fondé sur le partage d'expertises en matière d'identification de biomarqueurs

Accueil des participants au séminaire Predict © C.Jez
Mis à jour le 23/10/2017
Publié le 23/10/2017

Le développement récent des technologies –omiques haut-débit met à disposition de grandes quantités d’informations permettant de mieux comprendre les phénomènes biologiques. L’intégration et la modélisation conjointe de ces données est un enjeu clef aussi bien d’un point de vue méthodologique que biologique.  Le séminaire  organisé le 5 octobre 2017 à Jouy-en-Josas était plus particulièrement consacré à l’ intégration de données hétérogènes et de haute dimension pour la découverte de biomarqueurs prédictifs. Une première partie était axée sur la présentation de la variété des données disponibles et les enjeux de l’analyse pour la recherche de biomarqueurs prédictifs. En seconde partie, différentes approches méthodologiques  pour l’analyse conjointe de ces données (approches exploratoires, modèles prédictifs, réseaux) ont été  exposées. Le séminaire a réuni une centaine de participants d'horizons et de disciplines diverses (médecins, biologistes, bioinformaticiens et statisticiens). A l’issue de cette journée, un groupe de travail s'est constitué afin de mettre en commun les expertises des différentes équipes et de comparer des approches variées pour l’identification de biomarqueurs prédictifs à l'aide de jeux de données hétérogènes et de grande dimension.  

Contact(s)
Organisateur(s) :
Florence Jaffrezic, Denis Laloë, Daniel Gautheret, Patricia Huan
Contact(s) scientifique(s) :

Département(s) associé(s) :
Génétique animale
Centre(s) associé(s) :
Jouy-en-Josas

Programme du séminaire

Partie I : Enjeux de l’analyse de données –omiques hétérogènes

  • Ivan Sloma (Hôpital Paul Brousse), "A bio-integrative approach identifies an inflammatory signature in chronic myeloid  leukemia (CML) stem cells that is highly perturbed in CML blast crisis."
  • ​Christophe Desterke (Hôpital Paul Brousse), "Résoudre le code du transcriptome en intégrant la chromatine ouverte accessible."
  • ​Daniel Gautheret (Université Paris Sud), "A k-mer revolution in NGS data analysis, and how it creates new challenges for classifiers."
  • ​Sarah Cohen-Boulakia et Balazs Kegl (Université Paris Sud), "Data challenges with modularization and code submission."

Partie II : Méthodologies de l’intégration et modélisation

  •  Nuria Mach (INRA), "Understanding the response to endurance exercise using a systems biology approach in horses."
  • ​Denis Laloë (INRA), "Approches exploratoires multitableaux pour l’intégration de données."
  • ​Vincent Guillemot (Institut Pasteur), "Intégration de contraintes multiples dans la décomposition en valeurs singulières."
  • ​Blaise Hanczar (Université d’Evry), "Apprentissage profond pour la prédiction de phénotypes à partir de données d’expression."
  • Christophe Ambroise (Université d’Evry), "Graphical model inference with unobserved variables via latent tree aggregation."

Pour télécharger les présentations

Challenge méthodologique

Etes-vous intéressé par une participation au challenge méthodologique sur le thème : 

"Intégration de données hétérogènes et de haute dimension pour la découverte de biomarqueurs prédictifs " ?

A la suite du workshop du 5 octobre 2017, les organisateurs mettent en place le groupe de travail consacré à l’analyse conjointe de jeux de données disponibles dans les consortiums PREDICT – Psay-CompBio.

Le workshop a mis en évidence la grande variété de méthodes permettant d'identifier des biomarqueurs, ainsi que la grande diversité des fichiers de données, en particulier concernant le nombre d'observations. Ce groupe de travail permettra la mise en commun d’expertises sur des méthodologies très variées, afin d’identifier de nouveaux biomarqueurs prédictifs. L’objectif est d’écrire un article de synthèse présentant les résultats de ces analyses et d’organiser un workshop de restitution en Juin 2018.

Pour participer au challenge