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Jouy-en-Josas

18 sept 2017

Gros plan sur du petit matériel de laboratoire.. © Inra, BEAUCARDET William

Séminaire "Fonctions d'enzymes et de coûts de flux pour la modélisation métabolique"

Le site de Vilvert du centre de recherche Inra Ile-de-France-Jouy-en-Josas recevra prochainement Wolfram Liebermeister. Il donnera un séminaire sur le thème "Fonctions d'enzymes et de coûts de flux pour la modélisation métabolique."

Mis à jour le 12/09/2017
Publié le 12/09/2017

Séminaire de Wolfram Liebermeister (Inra MaIAGE)

"Fonctions d'enzymes et de coûts de flux pour la modélisation métabolique"

Lundi 18 septembre 2017 à 11 heures

Centre de recherche Inra Ile-de-France-Jouy-en-Josas
Bâtiment 210 , salle de réunions

Les flux métaboliques dans les cellules sont parfois supposés refléter une utilisation économique des enzymes.
Pour appliquer ce principe de «coût enzymatique minimal» et pour étudier ses conséquences, je considère deux types de modèles métaboliques de calcul : les modèles dans lesquels les flux sont donnés et les niveaux de métabolites choisis pour minimiser le coût de l'enzyme; et des modèles dans lesquels les flux eux-mêmes sont optimisés.
Dans le premier cas, les niveaux optimaux d'enzymes et de métabolites peuvent être calculés en résolvant un problème d'optimisation convexe et les connexions entre le coût de l'enzyme et la thermodynamique de réaction deviennent très apparentes.
Dans le deuxième cas, nous obtenons une version non linéaire de l'analyse du bilan flux, une méthode couramment utilisée dans la prédiction du flux.
Des flux métaboliques optimaux peuvent être trouvés en examinant les modes de flux élémentaires, un ensemble bien défini de distributions de flux maximalement éparse.
Au total, nous obtenons une méthode traçable pour prédire les flux optimaux, les niveaux de métabolites et les niveaux d'enzymes dans les modèles cinétiques du métabolisme central.

Accès au centre de recherche Inra Ile-de-France-Jouy-en-Josas

Les publications de Wolfram Liebermeister

Contact(s)
Organisateur(s) :
Estelle Kuhn, Mahendra Mariadassou, Elisabeta Vergu
Département(s) associé(s) :
Mathématiques et informatique appliquées
Centre(s) associé(s) :
Jouy-en-Josas